法4条に係る調査の流れを「図1」に示します。
法4条では、3000m²以上の土地における改変が行われる場合に実施されます。
このため、「一定規模以上の形質変更の届出」→「汚染のおそれの基準の該当性判断（都道府県知事の手続き）」→「調査命令の発令（都道府県知事の手続き）」となります。
その後は、5条と同様に、「情報の入手・把握」→「試料採取等対象物質の追加」→「土壌汚染のおそれの区分の分類」→「試料採取等を行う区画の選定」→「試料採取等」、となります。
よって、答えは(4)となります。

図1. 調査の流れ　【拡大して見る(PDF)】

ガイドラインP38（2）調査対象地の土壌汚染のおそれの把握（地歴調査）より
調査実施者は、調査対象地及びその周辺の土地について、その利用の状況、特定有害物質の使用等の状況、土壌又は地下水の特定有害物質による汚染の概況その他の調査対象地における土壌の特定有害物質による汚染のおそれを推定するために有効な情報を入手・把握し、試料採取等の対象とすべき特定有害物質の種類の特定及び調査対象地の土壌汚染のおそれの区分の分類を行う（規則第3条第1項～第6項）。

本問題の誤り3点は［A,土地所有者］、［B,調査対象地］、［E,試料採取等区画］です。

法に則った調査を行う場合、土地所有者には調査義務が発生しますが、調査を実施するのは調査実施者（指定調査機関）となります。このため、地歴調査を実際に行う者は調査実施者なので、［A,土地所有者］→［A,調査実施者］となります。

次に、［B,調査対象地］ですが、旧法では自然由来や埋立地由来の土壌汚染のおそれについては、調査義務の対象外でしたが、法が改正され、これらの土壌汚染のおそれに基づく調査命令も出されることとなりました。そのため、自然由来や埋立地由来の土壌汚染は限定的に存在するのではなく、広域に分布する性質のものであるため、対象地周辺地で対象地と同質の地質で構成される土地や同質の埋立て材で構成された土地で、土壌汚染が確認された場合は、情報を収集する必要があるといえます。

最後に、［E,試料採取等区画の選定］ですが、地歴調査によって明らかにしたい内容は特定有害物質の使用の有無です。また、特定有害物質が使用されていたことが明らかになった場合、使用されていた特定有害物質を特定しておそれ区分を分類することが目的です。試料採取等に係る調査内容は次の段階となりますので、［E,試料採取等区画］→［E,特定有害物質の種類］、となります。

以上から、3つが誤りですので正しいのはC,Dの2つとなります。